Relèvent de secteurs distincts des « activités mettant en œuvre des cycles distincts d’opérations effectuées avec un personnel et des techniques propres à chacun d’eux et faisant l’objet d’une comptabilité distincte » (CE, 4 janvier 1974, n° 8755 Société général Foods France).

L’intérêt de la sectorisation est de pouvoir appliquer un rapport d’assujettissement individualisé. En effet, la sectorisation permet d’isoler certains salaires et ainsi éviter l’application du rapport d’assujettissement général.

En principe, la sectorisation en matière de taxe sur les salaires obéit aux même règles que la sectorisation en matière de TVA.

En TVA, la sectorisation est conditionnée par l’existence d’activités à la comptabilité distincte, régies par des règles TVA différentes, ainsi que par des moyens matériels et personnels différents.

D’après les arrêts Boone and Cie et SA Financière Bayard en date du 28 juillet 1999, lorsqu’une entreprise doit constituer des secteurs distincts pour l’exercice de ses droits à déduction en matière de TVA, le montant de taxe sur les salaires à payer doit être déterminé à l’intérieur de chaque secteur, et non pas d’après le rapport d’assujettissement de l’entreprise, tous secteurs confondus.

En revanche, les rémunérations versées aux personnels non affectés de manière permanente et exclusive à un secteur déterminé sont soumises à la taxe sur les salaires à raison du rapport d’assujettissement général établi par l’établissement dans son ensemble, tous secteurs confondus.

La sectorisation en taxe sur les salaires peut être réalisée également en l’absence de secteurs distincts crées pour les besoins de la TVA (CAA, Nantes, 25 juin 2004 n° 00-1629 Société Meunier Participations). Cette possibilité est conditionnée au respect des critères TVA en matière de sectorisation.

Afin de sectoriser en l’absence de secteurs distincts en TVA, il est nécessaire de regarder si les critères de sectorisation en TVA sont remplis.

Si tel est le cas, l’entreprise doit calculer le coefficient d’assujettissement secteur par secteur et le coefficient d’assujettissement global. Ensuite, les règles d’affectation en l’absence de secteurs distincts pour les besoins de la TVA répondent aux mêmes règles d’affectation qu’en présence de secteurs distincts pour les besoins de la TVA.

Si en revanche, tel n’est pas le cas, il est nécessaire d’appliquer le rapport d’assujettissement de l’entreprise dans son ensemble. 

Dans le délai de réclamation, l’entreprise qui n’aurait pas crée de secteurs distincts peut en constituer rétroactivement et recalculer en conséquence la taxe sur les salaires due.

Enfin, l’existence concrète de secteurs d’activités distincts peut ainsi être opposée à l’administration alors même qu’ils n’ont fait l’objet d’aucune déclaration (CAA, Nantes, 25 juin 2004 n° 00-1629  Société Meunier Participations).